Kako se izračunava rezultat poravnanja?
Kako se izračunava rezultat poravnanja?

Video: Kako se izračunava rezultat poravnanja?

Video: Kako se izračunava rezultat poravnanja?
Video: Шпатлевка стен и потолка. З способа. Какой самый быстрый? 2024, Studeni
Anonim

The postići od poravnanje , S, izračunati kao zbroj zamjene i jaza bodovi . Zamjena bodovi su date preglednom tablicom (vidi PAM, BLOSUM). jaz bodovi su tipično izračunati kao zbroj G, kazne za otvaranje praznine i L, kazne za proširenje praznine. Za jaz duljine n, trošak jaza bi bio G+Ln.

Prema tome, što je rezultat poravnanja?

Optimalno poravnanje i rezultat poravnanja Optimalno poravnanje je poravnanje dajući najviše postići , i rezultat poravnanja je ovo najviše postići . Odnosno, rezultat poravnanja od X i Y = the postići od X i Y pod optimalnim poravnanje . Na primjer, rezultat poravnanja od sljedećih X i Y je 36.

Osim gore navedenog, kako funkcionira poravnanje slijeda? U bioinformatici, a poravnanje slijeda je način uređenja sekvence DNA, RNA ili proteina kako bi se identificirale regije sličnosti koje mogu biti posljedica funkcionalnih, strukturnih ili evolucijskih odnosa između sekvence.

Što je rezultat u bioinformatici?

U kontekstu poravnanja sekvenci, a postići je brojčana vrijednost koja opisuje ukupnu kvalitetu poravnanja. Veći brojevi odgovaraju većoj sličnosti. The postići skala ovisi o bodovanje korišteni sustav (matrica zamjene, kazna za razmak).

Što je optimalno poravnanje u slijedu?

The optimalno poravnanje od dva proteina sekvence je poravnanje koji maksimizira zbroj bodova u paru umanjen za svaku kaznu za uvedene praznine. Dinamičko programiranje omogućuje optimalno poravnanje od dva sekvence nalazi se u redoslijedu mnskoraka, gdje su m i n duljine sekvence.

Preporučeni: